1944年底，一批进步学者为争取抗战胜利和政治民主，继承和发扬五四运动的反帝爱国与民主科学精神，在重庆组织了民主科学座谈会。为纪念1945年9月3日抗日战争和世界反法西斯战争的伟大胜利，改建为九三学社。1946年5月4日，在重庆正式召开九三学社成立大会。

九三学社主要由科学技术界高中级知识分子组成。

九三学社历任主席为许德珩、周培源、吴阶平。现任主席韩启德。

目前，九三学社在30个省、自治区、直辖市建立了组织，现有成员105000多人。